Bogusław Kowalski został mianowany przez Andrzeja Adamczyka (PiS), ministra infrastruktury i budownictwa, na stanowisko prezesa PKP. W latach 1987-1990 Kowalski pozostawał zarejestrowany w ewidencji operacyjnej SB jako TW ps. „Mieczysław” i TW ps. „Przemek”.
„Wprawdzie do naszych czasów nie zachowała się jego teczka personalna i teczka pracy, ale inne dokumenty dość jednoznacznie wskazują na jego związki z SB. Można na przykład ustalić, że w latach 1987-1989 „Mieczysław”/„Przemek” odbył co najmniej 60 spotkań z oficerem prowadzącym i został 20 razy wynagrodzony za współpracę” – czytamy w książce Sławomira Cenckiewicza „Sprawa Lecha Wałęsy” (s. 286).
Orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z 1998 r. umożliwiło wydanie wyroku, iż Kowalski nie skłamał w oświadczeniu lustracyjnym, pisząc, iż nie miał żadnych związków z komunistycznymi służbami.
Bogusław Kowalski był faktycznym kierownikiem Stronnictwa Narodowo-Demokratycznego Jana Tomasza Zamoyskiego (1991-1999), a następnie prezesem SND (1998) i Stronnictwa Narodowego (1999) i szefem sztabu gen. Tadeusza Wileckiego (2000). W 2001 roku Kowalski należał do założycieli Ligi Polskich Rodzin i z ramienia tej partii został wicemarszałkiem województwa mazowieckiego, a później posłem (2005). W wyniku rozłamu w LPR znalazł się w grupie popierającej PiS i z ramienia tej partii uzyskał mandat poselski w 2007 roku. W rządzie premiera Jarosława Kaczyńskiego ( 2006-2007) Bogusław Kowalski był sekretarzem stanu w Ministerstwie Transportu.
Bogusław Kowalski, były działacz PZKS, związany jest z Janem Engelgardem i „Myślą Polską”, a więc kierunkiem proponującym ścisłą współpracę z Rosją przeciwko Zachodowi.